Якщо ви думали, що у Metal Gear Survive відсутній сюжет, то ви сильно помилилися.
Як виявилося, головний персонаж гри втратив свідомість під час інциденту на Mother Base, коли відкрився портал в інший вимір. До тями він прийшов уже в таємній організації Wardenclyffe Section. Її представники наполягли на тому, щоб герой ввійшов у портал і врятував тих, хто потрапив у інший світ ще півроку тому. Також він має створити вакцину від «зомбічного» вірусу, від якого й сам страждає.