Сценарій Metro Exodus більший, ніж сценарії минулих ігор серії разом. Він перевершує сценарії Metro 2033, Metro: Last Night і всіх DLC до них. Це наслідок варіативності та відкритості проекту. Над сценарієм працює письменник Дмитро Глухівський.
У свою чергу продюсер запевняє, що гравці зустрінуться з величезною кількістю нових релігій, спільнот, локацій, мутантів і монстрів. Прийняті рішення гравців будуть впливати на сюжет. Друзі головного героя в процесі гри можуть стати його ворогами, якщо він у розмові з ними скаже щось неприпустиме на їхній погляд.
Деякі місії треба буде проходити в прихованому режимі.
У Metro Exodus варто звертати увагу і на час доби, і на погодні умови. Вони суттєво впливатимуть на геймплей.