Тим Шейфер сообщил, что сюжет в Psychonauts 2 начнет свое развитие всего через несколько часов после завершения событий первой части, а также раскрыл некоторые другие моменты сюжета грядущей игры:
В Psychonauts 2 Раз наконец-то станет психонавтом. В штаб-квартире он увидит Сашу и Милу занятых на привычной для них работе – международном шпионаже. После он заметит странность – пока пропадал Труман Занотто, в организации произошло несколько изменений. Например, перестали финансироваться «мирные» отделы такие, как отдел наук, в то время как направления вроде некромании начали получать больше средств на развитие. Вскоре Раз раскроет страшные тайны о том, что происходит в темных углах штаб-квартиры психонавтов.
Также, Шейфер рассказал, что наработками для сценария занимается очень давно:
Сценарий Psychonauts 2 я хотел написать еще тогда, во времена первой части. За прошедшие годы я документировал свои мысли и идеи, поэтому сценарий я начинаю писать уже со сформированной и четкой историей, горой идей и механик в голове.