Тім Шейфер повідомив, що сюжет в Psychonauts 2 почне свій розвиток всього через кілька годин після завершення подій першої частини, а також розкрив деякі інші моменти сюжету майбутньої гри:
У Psychonauts 2 Раз нарешті стане психонавтом. У штаб-квартирі він побачить Сашу і Мілу зайнятих на звичній для них роботі - міжнародному шпигунстві. Після він помітить дивина – поки пропадав Труман Занотті, в організації відбулося кілька змін. Наприклад, перестали фінансуватися «мирні» відділи такі, як відділ наук, в той час як напрямки типу некроманії почали отримувати більше коштів на розвиток. Незабаром Раз розкриє страшні таємниці про те, що відбувається в темних кутах штаб-квартири психонавтів.
Також, Шейфер розповів, що напрацюваннями для сценарію займається дуже давно:
Сценарій Psychonauts 2 я хотів написати ще тоді, за часів першої частини. За минулі роки я документував свої думки та ідеї, тому сценарій я починаю писати вже з сформованою і чіткої історією, горою ідей і механік в голові.