За словами розробників Pathologic 2, вони хотіли створити «важку, виснажливу, перемелюючу кістки» гру, яка повинна була сподобатися багатьом. Хоча деякі хотіли б спростити геймплей і через кілька тижнів «опція» стане доступною.
У блозі в Steam автори розповіли про три ключові принципи, на яких будується ігровий баланс Pathologic 2. Розробники хочуть, щоб гравець завжди відчував тонку грань між життям та смертю, але при цьому у будь-який момент міг вибратися з ситуації, що склалася, а також іноді приймав неправильні рішення та жертвував деякими сюжетними моментами заради виживання.
Якщо геймери не згодні з цим, то вже через два-три тижні вони зможуть змінювати рівень складності, налаштовуючи геймплей. Це стане можливим завдяки спеціально доданому у Pathologic 2 слайдбару, але поки не зрозуміло, за що конкретно він буде відповідати. Тим не менш, робити гру занадто легкою, розробники не радять. Гра повинна бути складною, інакше вона просто втратить свій ефект.